Uno de los grupos dentro de lo que es la organización de la Hermandad y sus estructuras es la Junta de Diputados.
Se encuentra regulada en el artículo 52 de nuestras Reglas y se trata de un grupo de hermanos que se fue formando con el discurrir de los años y el engrandecimiento de la Hermandad en cuanto al número de nazarenos y penitentes que pasaron a engrosar las filas de la cofradía, haciendo necesario el aumento de los diputados de tramo y, por tanto, una mayor coordinación y unificación de criterios cuando éstos pasaron poco a poco a gestionar una cofradía que empezó en la década de los setenta y ochenta a llevar entre quinientos y seiscientos nazarenos más un importante número de cruces y mujeres de luz, para lo cual se hizo necesario la creación de este grupo.
La Junta de Diputados está dirigida por el Diputado Mayor de Gobierno, que es uno de los oficiales de la Junta de Gobierno y está integrada por el número de diputados de tramo y de orden que sean necesarios para el buen discurrir y la buena ordenación de la cofradía, los cuales serán nombrados por la Junta de Gobierno a propuesta de dicho Diputado Mayor. Igualmente, el Diputado Mayor tiene potestad para cesar en sus cargos aquellos diputados de orden que crea convenientes, siendo con la autorización final de la Junta de Gobierno.
Quedan integrados en la Junta de Diputados todos los diputados de orden que forman en la cofradía así como los Fiscales de Paso y el propio Diputados Mayor que es quien preside y dirige dicha Junta.
Tiene como misión primordial el estudio de todo lo relacionado con la organización de la Cofradía, la ordenación de la penitencia de los hermanos nazarenos y penitentes así como las mujeres de luz. Igualmente prestarán la ayuda que les sea demandada por la Junta de Gobierno convirtiéndose así en muchos momentos de la vida de la Hermandad como auxiliares de la misma.
Actualmente preside el cargo de Diputado Mayor de Gobierno D. Francisco José Romero Ramírez, asistido por el Teniente Diputado Mayor D. Juan Luis Triguero Soriano.